防治果蔬贮运病害的危害，除重视采前必要的农业技术措施外，重要的是贮运中的每个关键时期。采用贮运前的商品化处理。贮运中的保鲜计划和防病（防腐）技术相结合的综合措施，才能达到预期效果。
（1）适时无伤采收。采后及时进行商品化处理（严格挑选、分级、防腐、保鲜处理等），快速预冷，使其进入适宜的贮运环境。
（2）选择适宜的贮运场所，及时入贮。应用先进保鲜技术，如冷藏技术、气调保鲜技术（CA、MA、DTCA等），是控制一些侵染病害大量发生和危害的重要措施，也是延缓一些生理病害发生和危害的基本方法。
（3）化学防治技术。目前，化学防治的药剂甚多，但用于果蔬贮运病害防治中的药剂一般应列入食品添加剂，或国家允许使用的药剂，并按允许的使用方法和剂量使用。用于防治侵染性病害的药物（防腐），称为防腐剂；用于防治生理病害的一般称为保鲜剂，如抗氧化剂、植物激素等。防腐剂目前常用的有苯并咪唑类，如特克多、苯莱特、多菌灵、甲基托布染、托布津、伊迈唑等；二氧化硫及其络合物；仲丁胺及其衍生物、施宝功、鲜宝、百毒杀等。
生理病害防治常用的化学药物抗氧化剂，如乙氧基喹啉、二茶胺、BHA、BHT、卵磷脂、抗坏血酸等；植物激素，如2，4-D、2，4，5-T，GA3，6-卡基嘌啉、吲哚乙酸、青鲜素等；钙制剂以及护色剂等，包括应用在苹果上的1-MCP等。
（4）物理防治方法。目前用于防治果蔬病害的有三方面：①空气放电技术。应用空气放电，释放出臭氧（O3）或臭氧+负离子，进行防腐保鲜。②应用放射性同位素（60CO）处理，使用剂量一般为1.29~5.16C/kg（折合吸收剂量为44~175Gy）。③高温高湿处理。目前使用的方法有两种：一是用45℃温水浸果5min；二是用高温（40℃）、高湿（95%）处理2h，用来防治甜橙褐斑病。
（5）生物技术。①生物防治。应用一些抗生菌来防治一些侵染性病害的危害。②生物工程。国外一些国家开始研究导入某些基因，提高其果蔬抗病能力。